Aufgrund des hohen Naturschutzwertes betreiben die Anrainerstaaten Niederlande, Deutschland und Dänemark den trilateralen Schutz des Wattenmeeres seit 1978 nach gemeinsam formulierten Zielen. Gemeinsame Regierungskonferenzen zum Schutz des Wattenmeers sind etabliert und 2009 wurde die Zusammenarbeit durch die Entscheidung der UNESCO, das Wattenmeer als Weltnaturerbe auszuzeichnen, gekrönt. Seit 2018 hat Deutschland die Präsidentschaft der trilateralen Wattenmeerzusammenarbeit. Das gemeinsame Wattenmeersekretariat (Common Wadden Sea Secretariat, CWSS) in Wilhelmshaven unterstützt die drei Staaten in ihrer Zusammenarbeit und auch ein neues Partnerschaftszentrum in Wilhelmshaven ist geplant um die Zusammenarbeit zu stärken und den Schutz des Wattenmeers voranzutreiben.
Im deutschen Teil des Wattenmeeres ist nahezu die gesamte Watt- und Wasserfläche zwischen den Festlandmarschen und den Inseln als Nationalpark und Biosphärenreservat geschützt. Zum Teil sind auch unbesiedelte Bereiche der Inseln enthalten oder sie sind Naturschutzgebiet.